Research Article
BibTex RIS Cite

Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi

Year 2022, Volume: 3 Issue: 3, 15 - 19, 30.01.2023

Ibrahım Boga Atıl Bişgin

Abstract

Yeni nesil dizileme yöntemi (YND), hassas ve güvenilir bir çalışma yöntemi olması sebebiyle rutin kullanımda yerini almış olup kanserden nadir hastalıklara kadar bütün genetik temelli hastalıklarda değerini ortaya koymaktadır. Ancak hem elde edilen verinin büyüklüğü hem de maliyetleri düşürmek amacıyla yapılan çalışmalar özellikle kansere yönelik somatik çalışmalarda belirli gen bölgeleri ile sınırlıdır. Bu durum kanser gibi karmaşık hastalıkların patogenezinin aydınlatılmasını ve/veya yeni biyobelirteçlerin tespit edilmesini güçleştirmektedir. Tüm genom dizileme gibi kapsamlı bir çalışmadan dahi elde edilen veriler mevcut literatür bilgisinin yetersiz olmasından dolayı yeteri kadar iyi analiz edilememekte ve transkriptom dizileme gibi fonksiyonel testler ile destekleyici uygulamalara ihtiyac duyulmaktadır. Bu tez çalışmasında, Çukurova Üniversitesi Adana Genetik Hastalıklar Tanı ve Tedavi Merkezi (ÇÜ AGENTEM) laboratuvar alt yapısı ile seçilen nadir kanser hastasına ait periferik kan örneğinden germ-line ve FFPE doku ile likit biyopsi materyallerinden somatik tüm genom dizileme ve transkriptom dizileme yapılarak bu verilerin analizlerinin gerçekleştirilmesne yönelik biyoinformatik analiz algoritması geliştirilmiştir.

Keywords

Biyoinformatik Tüm Genom Dizileme Transkriptom Dizileme Somatik varyant analizi

Supporting Institution

Çukurova Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri

Project Number

FDK-2019-11650

References

  • 1. Boga I, Sonmezler O, Bisgin A. Clinical Validation of a Novel GeneReader Next Generation Sequencing System for Tumor Specific Mutations and Bioinformatics Variant Analysis. Clin Lab. 2020;66(11).
  • 2. Bewicke-Copley F, Arjun Kumar E, Palladino G, Korfi K, Wang J. Applications and analysis of targeted genomic sequencing in cancer studies. Computational and structural biotechnology journal. 2019;17:1348-59.

Year 2022, Volume: 3 Issue: 3, 15 - 19, 30.01.2023

Ibrahım Boga Atıl Bişgin

Abstract

Keywords

Biyoinformatik Tüm Genom Dizileme Transkriptom Dizileme Somatik varyant analizi

Project Number

FDK-2019-11650

References

  • 1. Boga I, Sonmezler O, Bisgin A. Clinical Validation of a Novel GeneReader Next Generation Sequencing System for Tumor Specific Mutations and Bioinformatics Variant Analysis. Clin Lab. 2020;66(11).
  • 2. Bewicke-Copley F, Arjun Kumar E, Palladino G, Korfi K, Wang J. Applications and analysis of targeted genomic sequencing in cancer studies. Computational and structural biotechnology journal. 2019;17:1348-59.
There are 2 citations in total.

Details

Primary Language Turkish
Subjects Clinical Sciences
Journal Section Research Articles
Authors

Ibrahım Boga 0000-0002-8967-8218

Atıl Bişgin 0000-0002-2053-9076

Project Number FDK-2019-11650
Publication Date January 30, 2023
Submission Date January 2, 2023
Acceptance Date January 11, 2023
Published in Issue Year 2022 Volume: 3 Issue: 3

Cite

APA Boga, I., & Bişgin, A. (2023). Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi, 3(3), 15-19.
AMA Boga I, Bişgin A. Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. asujms. January 2023;3(3):15-19.
Chicago Boga, Ibrahım, and Atıl Bişgin. “Kanserde Somatik Ve Germ-Line tüm Genom Dizileme Ve Transkriptom Profillemeye yönelik Biyoinformatik Analiz algoritmalarının geliştirilmesi”. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi 3, no. 3 (January 2023): 15-19.
EndNote Boga I, Bişgin A (January 1, 2023) Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi 3 3 15–19.
IEEE I. Boga and A. Bişgin, “Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi”, asujms, vol. 3, no. 3, pp. 15–19, 2023.
ISNAD Boga, Ibrahım - Bişgin, Atıl. “Kanserde Somatik Ve Germ-Line tüm Genom Dizileme Ve Transkriptom Profillemeye yönelik Biyoinformatik Analiz algoritmalarının geliştirilmesi”. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi 3/3 (January 2023), 15-19.
JAMA Boga I, Bişgin A. Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. asujms. 2023;3:15–19.
MLA Boga, Ibrahım and Atıl Bişgin. “Kanserde Somatik Ve Germ-Line tüm Genom Dizileme Ve Transkriptom Profillemeye yönelik Biyoinformatik Analiz algoritmalarının geliştirilmesi”. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi, vol. 3, no. 3, 2023, pp. 15-19.
Vancouver Boga I, Bişgin A. Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. asujms. 2023;3(3):15-9.
 Download Cover Image