Research Article
BibTex RIS Cite

Construction of Reference Plasmids for The Quantification of Bcr-Abl Fusion Transcripts in Chronic Myeloid Leukemia By Quantitative Real-Time Pcr

Year 2017, Volume: 7 Issue: 13, 93 - 100, 01.06.2017

Abstract

Chronic myeloid leukemia (CML), is a myeloproliferative disorder characterized by rapid increased

proliferation of the granulocytes. The hallmark of CML is the presence of the Philadephia chromosome,

which is a product of translocation between the chromosomes 9 and 22 and as a result, a fusion gene

is formed between the BCR gene (chr. 22) and ABL (chr.9). Several variants of the BCR-ABL fusion

transcript exist which is based on the different breakpoint locations between the BCR and ABL genes.

The most known variants are designated p190, p210 and p230 fusion transcript. Since the amount of

BCR-ABL fusion transcript is correlated with the tumor load, therefore is important to quantify the

expression of BCR-ABL in the patient samples. For p210 fusion transcript, a reference plasmid was

created and the quantification was facilitated by having a standard curve made by serial dilution of

the reference plasmid. Unfortunately, reference plasmid for p190 and p230 remain absent. Here in this

study, we designed and construct two reference plasmids for quantification of the p190 and p230 fusion

transcripts. Unfortunately, the construction of the reference plasmid for p190 was unsuccessful,

after ligation, none of the colonies analyzed contained the 1000-bp insert of the p190. In contrast, the

p230 reference plasmid, named pBL-230, was constructed in which contain a 620-bp fragment of the

p230 fusion transcript. We showed that serial dilutions of pBL-230 could be accurately quantified by

two different UPL probes and can be used for quantification of p230 fusion transcript in CML patients.

References

  • 1. Frazer R, Irvine AE, McMullin MF. Chronic Myeloid Leukaemia in The 21st Century. The Ulster Medical Journal 2007; 76(1): 8-17. 2. Druker B. Translation of the Philadelphia chromosome into therapy for CML. December 15, 2008; Blood: 112 (13). 3. Salesse S, Verfaillie C. BCR/ABL: from molecular mechanisms of leukemia induction to treatment of chronic myelogenous leukemia. Oncogene 2002; 21: 8547-8559 4. Weerkamp F, Dekking E, Ng Y, Böttcher S. Flow cytometric immunobead assay for the detection of BCR–ABL fusion proteins in leukemia patients. Leukemia 2009; 23: 1106- 1117 5. Timson G, Siraj A, Bu R, Banavali S. Single Monochrome Real-Time RT-PCR Assay for Identification, Quantification, and Breakpoint Cluster Region Determination of t(9;22) Transcripts. The Journal of Molecular Diagnostics Volume 7, Issue 1, February 2005, Pages 40–47. 6. Maru Y. Molecular biology of chronic myeloid leukemia. Cancer Sci 2012; 103(9): 1601-1610. 7. Wang JY. The capable ABL: what is its biological function? Mol Cell Biol 2014; 34(7): 1188-1197. 8. Bock O, Lehmann U, Kreipe H. Quantitative Intra-Individual Monitoring of BCR-ABL Transcript Levels in Archival Bone Marrow Trephines of Patients with Chronic Myeloid Leukemia. The Journal of molecular diagnostics: JMD 2003; 5(1): 54-60. 9. Bock, Oliver, and Ulrich Lehmann. “Quantitative Intra-individual Monitoring of BCR-ABL Transcript Levels in Archival Bone Marrow Trephines of Patients with Chronic Myeloid Leukemia.” The Journal of Molecular Diagnostics : JMD. U.S. National Library of Medicine, Feb. 2003. 10. Kozera, Bartłomiej, and Marcin Rapacz. “Reference Genes in Real-time PCR.” Journal of Applied Genetics. Springer Berlin Heidelberg, 2013. 11. Boeckx N, Jansen MW, Haskovec C, Vandenberghe P, van der Velden VH, van Dongen JJ. Identification of e19a2 BCR-ABL fusions (mu-BCR breakpoints) at the DNA level by ligation-mediated PCR. Leukemia 2005;19(7): 1292-1295.

Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması

Year 2017, Volume: 7 Issue: 13, 93 - 100, 01.06.2017

Abstract

Kronik Myeloid Lösemi (KML), granülositlerin hızla artan proliferasyonuyla seyreden bir myeloprolifertif

hastalıktır. KML, 9 ve 22 kromozomları arasındaki bir translokasyonla oluşan Philadelphia kromozomunun

varlığı ile karakterizedir ve bu translokasyon sonucunda BCR (22. kr) ve ABL (9. kr)

arasında bir füzyon gen meydana gelir. BCR ve ABL genlerindeki kırık bölgelerine bağlı olarak farklı

BCR-ABL füzyon transkriptleri oluşmaktadır. En bilinenleri p190, p210 ve p230 füzyon transkriptleridir.

BCR-ABL füzyon transkript miktarı tümör yükü ile doğrudan ilişkili olduğu için hasta örneklerinde BCRABL

anlatımını sayısal miktar olarak belirlemek önemlidir. Daha önce p210 transkripti için bir referans

plazmid oluşturulmuştur ve bu plazmidin seri dilüsyonları ile elde edilen standart eğrisi ile sayısal

miktar tayini yapılmaktadır. Ancak maalesef benzer bir plazmid p190 ve p230 kırıkları için mevcut

değildir. Bu çalışmada hem p190 hem de p230 transkriptlerinin miktar tayinini yapabilecek bir

referans plazmid oluşturmayı amaçladık. Ancak p190 plazmidi bütün uğraşlarımıza rağmen başarıya

ulaşamadı, elde ettiğimiz kolonilerin hiç biri p190’ın 1000bç’lik fragmanını içermiyordu. Bunun aksine

p230 referans plazmidi (pBL-230) 620bç’lik p230 fragmanı ile klonlanabildi. pBL-230’un seri

dilüsyonları ile iki farklı UPL prob kullanarak KML hastalarında p230 transkript miktarını tayin

edebildik.

References

  • 1. Frazer R, Irvine AE, McMullin MF. Chronic Myeloid Leukaemia in The 21st Century. The Ulster Medical Journal 2007; 76(1): 8-17. 2. Druker B. Translation of the Philadelphia chromosome into therapy for CML. December 15, 2008; Blood: 112 (13). 3. Salesse S, Verfaillie C. BCR/ABL: from molecular mechanisms of leukemia induction to treatment of chronic myelogenous leukemia. Oncogene 2002; 21: 8547-8559 4. Weerkamp F, Dekking E, Ng Y, Böttcher S. Flow cytometric immunobead assay for the detection of BCR–ABL fusion proteins in leukemia patients. Leukemia 2009; 23: 1106- 1117 5. Timson G, Siraj A, Bu R, Banavali S. Single Monochrome Real-Time RT-PCR Assay for Identification, Quantification, and Breakpoint Cluster Region Determination of t(9;22) Transcripts. The Journal of Molecular Diagnostics Volume 7, Issue 1, February 2005, Pages 40–47. 6. Maru Y. Molecular biology of chronic myeloid leukemia. Cancer Sci 2012; 103(9): 1601-1610. 7. Wang JY. The capable ABL: what is its biological function? Mol Cell Biol 2014; 34(7): 1188-1197. 8. Bock O, Lehmann U, Kreipe H. Quantitative Intra-Individual Monitoring of BCR-ABL Transcript Levels in Archival Bone Marrow Trephines of Patients with Chronic Myeloid Leukemia. The Journal of molecular diagnostics: JMD 2003; 5(1): 54-60. 9. Bock, Oliver, and Ulrich Lehmann. “Quantitative Intra-individual Monitoring of BCR-ABL Transcript Levels in Archival Bone Marrow Trephines of Patients with Chronic Myeloid Leukemia.” The Journal of Molecular Diagnostics : JMD. U.S. National Library of Medicine, Feb. 2003. 10. Kozera, Bartłomiej, and Marcin Rapacz. “Reference Genes in Real-time PCR.” Journal of Applied Genetics. Springer Berlin Heidelberg, 2013. 11. Boeckx N, Jansen MW, Haskovec C, Vandenberghe P, van der Velden VH, van Dongen JJ. Identification of e19a2 BCR-ABL fusions (mu-BCR breakpoints) at the DNA level by ligation-mediated PCR. Leukemia 2005;19(7): 1292-1295.
There are 1 citations in total.

Details

Journal Section Makale
Authors

Yuk Yin Ng This is me

Zeynep Hazal Yılmaz This is me

Özden Hatırnaz Ng

Müge Sayitoğlu

Publication Date June 1, 2017
Published in Issue Year 2017 Volume: 7 Issue: 13

Cite

APA Ng, Y. Y., Yılmaz, Z. H., Hatırnaz Ng, Ö., Sayitoğlu, M. (2017). Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, 7(13), 93-100.
AMA Ng YY, Yılmaz ZH, Hatırnaz Ng Ö, Sayitoğlu M. Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi. June 2017;7(13):93-100.
Chicago Ng, Yuk Yin, Zeynep Hazal Yılmaz, Özden Hatırnaz Ng, and Müge Sayitoğlu. “Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR Ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması”. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi 7, no. 13 (June 2017): 93-100.
EndNote Ng YY, Yılmaz ZH, Hatırnaz Ng Ö, Sayitoğlu M (June 1, 2017) Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi 7 13 93–100.
IEEE Y. Y. Ng, Z. H. Yılmaz, Ö. Hatırnaz Ng, and M. Sayitoğlu, “Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması”, Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, vol. 7, no. 13, pp. 93–100, 2017.
ISNAD Ng, Yuk Yin et al. “Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR Ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması”. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi 7/13 (June 2017), 93-100.
JAMA Ng YY, Yılmaz ZH, Hatırnaz Ng Ö, Sayitoğlu M. Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi. 2017;7:93–100.
MLA Ng, Yuk Yin et al. “Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR Ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması”. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, vol. 7, no. 13, 2017, pp. 93-100.
Vancouver Ng YY, Yılmaz ZH, Hatırnaz Ng Ö, Sayitoğlu M. Kronik Myeloid Lösemide BCR-ABL Füzyon Transkriptinin Eş Zamanlı PCR ile Kantitasyonu İçin Referans Plazmid Oluşturulması. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi. 2017;7(13):93-100.