Araştırma Makalesi
BibTex RIS Kaynak Göster

Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi

Yıl 2022, Cilt: 3 Sayı: 3, 15 - 19, 30.01.2023

Ibrahım Boga Atıl Bişgin

Öz

Yeni nesil dizileme yöntemi (YND), hassas ve güvenilir bir çalışma yöntemi olması sebebiyle rutin kullanımda yerini almış olup kanserden nadir hastalıklara kadar bütün genetik temelli hastalıklarda değerini ortaya koymaktadır. Ancak hem elde edilen verinin büyüklüğü hem de maliyetleri düşürmek amacıyla yapılan çalışmalar özellikle kansere yönelik somatik çalışmalarda belirli gen bölgeleri ile sınırlıdır. Bu durum kanser gibi karmaşık hastalıkların patogenezinin aydınlatılmasını ve/veya yeni biyobelirteçlerin tespit edilmesini güçleştirmektedir. Tüm genom dizileme gibi kapsamlı bir çalışmadan dahi elde edilen veriler mevcut literatür bilgisinin yetersiz olmasından dolayı yeteri kadar iyi analiz edilememekte ve transkriptom dizileme gibi fonksiyonel testler ile destekleyici uygulamalara ihtiyac duyulmaktadır. Bu tez çalışmasında, Çukurova Üniversitesi Adana Genetik Hastalıklar Tanı ve Tedavi Merkezi (ÇÜ AGENTEM) laboratuvar alt yapısı ile seçilen nadir kanser hastasına ait periferik kan örneğinden germ-line ve FFPE doku ile likit biyopsi materyallerinden somatik tüm genom dizileme ve transkriptom dizileme yapılarak bu verilerin analizlerinin gerçekleştirilmesne yönelik biyoinformatik analiz algoritması geliştirilmiştir.

Anahtar Kelimeler

Biyoinformatik Tüm Genom Dizileme Transkriptom Dizileme Somatik varyant analizi

Destekleyen Kurum

Çukurova Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri

Proje Numarası

FDK-2019-11650

Kaynakça

  • 1. Boga I, Sonmezler O, Bisgin A. Clinical Validation of a Novel GeneReader Next Generation Sequencing System for Tumor Specific Mutations and Bioinformatics Variant Analysis. Clin Lab. 2020;66(11).
  • 2. Bewicke-Copley F, Arjun Kumar E, Palladino G, Korfi K, Wang J. Applications and analysis of targeted genomic sequencing in cancer studies. Computational and structural biotechnology journal. 2019;17:1348-59.

Yıl 2022, Cilt: 3 Sayı: 3, 15 - 19, 30.01.2023

Ibrahım Boga Atıl Bişgin

Öz

Anahtar Kelimeler

Biyoinformatik Tüm Genom Dizileme Transkriptom Dizileme Somatik varyant analizi

Proje Numarası

FDK-2019-11650

Kaynakça

  • 1. Boga I, Sonmezler O, Bisgin A. Clinical Validation of a Novel GeneReader Next Generation Sequencing System for Tumor Specific Mutations and Bioinformatics Variant Analysis. Clin Lab. 2020;66(11).
  • 2. Bewicke-Copley F, Arjun Kumar E, Palladino G, Korfi K, Wang J. Applications and analysis of targeted genomic sequencing in cancer studies. Computational and structural biotechnology journal. 2019;17:1348-59.
Toplam 2 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Birincil Dil Türkçe
Konular Klinik Tıp Bilimleri
Bölüm Araştırma Makaleleri
Yazarlar

Ibrahım Boga 0000-0002-8967-8218

Atıl Bişgin 0000-0002-2053-9076

Proje Numarası FDK-2019-11650
Yayımlanma Tarihi 30 Ocak 2023
Gönderilme Tarihi 2 Ocak 2023
Kabul Tarihi 11 Ocak 2023
Yayımlandığı Sayı Yıl 2022 Cilt: 3 Sayı: 3

Kaynak Göster

APA Boga, I., & Bişgin, A. (2023). Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi, 3(3), 15-19.
AMA Boga I, Bişgin A. Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. asujms. Ocak 2023;3(3):15-19.
Chicago Boga, Ibrahım, ve Atıl Bişgin. “Kanserde Somatik Ve Germ-Line tüm Genom Dizileme Ve Transkriptom Profillemeye yönelik Biyoinformatik Analiz algoritmalarının geliştirilmesi”. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi 3, sy. 3 (Ocak 2023): 15-19.
EndNote Boga I, Bişgin A (01 Ocak 2023) Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi 3 3 15–19.
IEEE I. Boga ve A. Bişgin, “Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi”, asujms, c. 3, sy. 3, ss. 15–19, 2023.
ISNAD Boga, Ibrahım - Bişgin, Atıl. “Kanserde Somatik Ve Germ-Line tüm Genom Dizileme Ve Transkriptom Profillemeye yönelik Biyoinformatik Analiz algoritmalarının geliştirilmesi”. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi 3/3 (Ocak 2023), 15-19.
JAMA Boga I, Bişgin A. Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. asujms. 2023;3:15–19.
MLA Boga, Ibrahım ve Atıl Bişgin. “Kanserde Somatik Ve Germ-Line tüm Genom Dizileme Ve Transkriptom Profillemeye yönelik Biyoinformatik Analiz algoritmalarının geliştirilmesi”. Aksaray Üniversitesi Tıp Bilimleri Dergisi, c. 3, sy. 3, 2023, ss. 15-19.
Vancouver Boga I, Bişgin A. Kanserde somatik ve germ-line tüm genom dizileme ve transkriptom profillemeye yönelik biyoinformatik analiz algoritmalarının geliştirilmesi. asujms. 2023;3(3):15-9.
 Kapak Resmi İndir